Идеята за обединение на Балканите в една държава с републиканско устройство се споменава в съчиненията на Карл Маркс. Тя е обширно разработена от партията на тесните социалисти (БРСДП (т.с.) и най-вече от Димитър Благоев във връзка с българския национален въпрос. БРСДП (т.с.) особено широко популяризира идеята в навечерието на Балканските войни и участието на България в Първата световна война.
Българските марксисти вярват, че националното обединение на българите е възможно само по мирен път, чрез създаването на единна федеративна република на територията на целия Балкански полуостров, като по този начин да бъдат естествено потушени териториалните конфликти между балканските държави.
В разработения от тях проект за столица на федерацията се сочи София. Тесните социалисти не предвиждат провеждането на революция за осъществяването на проекта, а смятат, че правителствата на балканските държави ще го осъществят под натиска на работническата класа от тези страни. БРСДП (т.с.) разглежда федерацията като възможност за създаване на голяма балканска работническа класа, която да разполага с възможността да осъществи революция.
Ленин оценява идеята като „правилна“, но посочва, че би трябвало това да се очаква от работническата класа и селячеството, а не от буржоазията, да я осъществи.
В следосвобожденския период идеята за Балканска федерация е много тясно обвързана с македонския въпрос. Формирането на Балканска федерация се предлага като решение на македонския въпрос, като впоследствие това присъства в повечето програми на ВМОРО, а привърженици на идеята са голяма част от видните дейци на организацията начело с Гоце Делчев.
След Илинденско-Преображенското въстание от 1903 г. и разцеплението на ВМОРО под напора на засилените процеси на деградация вътре в организацията и най-вече поради засилващото се влияние на левите идеи, се появява ляво течение на ВМОРО начело с Яне Сандански.
Идеята за Балканска федерация се появява отново по време на Втората световна война, като неин инициатор е българският комунистически деец от македонски произход Георги Димитров. Той я вижда като комунистическа федерация, която трябва да реши македонския въпрос.
След края на Втората световна война под ръководството на СССР на Балканите се установяват просъветски режими на управление.
Тази обстановка подтиква българския министър-председател и водач на БРП (к) Георги Димитров да смята, че е настъпил моментът за осъществяването на проекта за Балканска федерация. Димитров се ориентира най-вече към Югославия, тъй като смята, че възможността за обединение на България с тази страна е най-голяма. За спойващо звено трябвало да послужи Социалистическа република Македония, която трябвало да се влее във федерацията като единна федеративна република от Пирин до Шар планина (в замяна България ще получи обратно Западните покрайнини).
За да спре агресивната политика на Тито спрямо македонските българи, БКП решава да използва ЕДИНСТВЕНИЯ възможен шанс да предпази българите там да бъдат просръбчени, предлагайки македонизация с цел съхраняването ПОНЕ на АВТОНОМИЯ на Македония в състава на Югославия.
Активните преговори между България и Югославия за Балканска федерация започват през декември 1944 година с активното участие на вицепремиерите Едвард Кардел и Трайчо Костов. Югославия предлага включване на България във федерацията с равен статут на Сърбия, Хърватия и останалите републики, а българската страна, подкрепяна и от Сталин, настоява за двустранна федерация между България и Югославия и предпочита нейното постепенно изграждане като се започне с политически и икономически съюз.
През януари 1945 година двете страни се отказват от незабавни стъпки за реализиране на федерацията след протести на Великобритания, че България не може да води такива преговори, преди да е сключен мирен договор с нея.
С нарастването на напреженията между Съветския съюз и Югославия, през февруари 1948 година югославската страна започва да изразява резерви към проекта за Балканска федерация, опасявайки се, че лоялната към Москва България ще се превърне в средство за осъществяване на съветския натиск.
През юни се стига до пълен разрив между Югославия и съветския блок, който слага край на идеята за Балканска федерация.
