Фанарът (капак) на пилотската кабина на F-117 в Белградския музей на авиацията
На 27 март 1999 г. над Югославия по време на бомбардировки в района на село Будановци е свален конструираният по технологията СТЕЛТ американски „невидим" щурмови самолет F-117A Найтхок. Заслугата е на ЗРК (зенитноракетен комплекс) С-125 „Нева" с командир Золтан Дани. Пилотът подполковник Дейл Зелко се катапултира и е спасен.След края на бойните действия в Югославия излизат противоречиви информации за авиационните загуби на НАТО и на Югославия.
Според официални данни на НАТО за 11 седмици по време на операция „Съюзна сила" бойните загуби на Алианса възлизат на 2 самолета, като по не бойни причини са загубени 2 самолета и 2 вертолета.
Алтернативните оценки за загубите на НАТО са доста по-големи, но се отличават с противоречивост. Например в книгата на П. Литкин „Справочник по въоръжените сили на страните от Балканския регион" се твърди, че до 20 май 1999 г. загубите на НАТО са 109 самолета „свалени безусловно" и 15 самолета „свалени вероятно".
На 15 юни 1999 г. началникът на Генщаба на СРЮ Драголюб Ойданич обяви, че към този момент ВВС и ПВО на страната са унищожили 61 самолета, 7 вертолета, 30 безпилотни летателни апарата (БЛА) и 238 крилати ракети. Тези цифри получиха голямо разпространение и се цитират в много източници.
През 2000 г. Министерството на отбраната на Югославия коригира своите цифри и заяви като унищожени 31 самолета, 6 вертолета, 11 БЛА и примерно 40 крилати ракети.
Аржентинският изследовател Диего Зампини твърди, че само Великобритания е отписала 16 ударни самолета „Торнадо" и „Хариер", а САЩ са загубили 2 невидими бомбардировача В-2 „Спирит", В-1В „Лансер", В-52 „Стратофортрес", F-117, F-16, А-10А „Тъндърболт" и други.
През март 2008 г. сръбският вестник „Политика" публикува статията Milošević nije dozvolio napade na NATO, посветена на 9-годишнината от началото на военната операция на НАТО против Югославия. Приведените цифри за загубите на Алианса се доближават до обявените от него:
• Унищожени 56 летателни апарата (2 самолета, 9 БЛА и 45 крилати ракети);
• Повредени 56 летателни апарата (36 самолета и 2 вертолета).
Воювалият в Косово руски доброволец Андрей Мартинов изказва в списание „Солдат удачи" (№12, 1999) следното мнение: „Авиацията на противника понякога буквално ходеше по главите ни, уверена в своята безнаказаност. Победните релации на командването на сръбската армия за уж свалените десетки самолети са приказка. За два месеца бомбардировки по TV показаха свалени F-117 и F-16. Къде обаче са отломките на другите самолети? Не всички са паднали в морето. А ако са ги сваляли на сушата, то къде са летците?"
Действително югославската страна не представи на медиите нито един пленен пилот на НАТО, макар тримата пехотинци от САЩ, попаднали в плен на 31 март 1999 г., бяха демонстрирани. А в белградския музей на авиацията се намират отломките на самолетите, които бяха признати от НАТО за свалени в хода на бойните действия (F-117, F-16 и фрагменти от двигателя на щурмовика A-10, извършил аварийно приземяване на един двигател в Скопие.
През 1999 г. сръбски Ми-8 разстреля с картечница разузнавателен БЛА. Поне една ракета „Томахоук" е свалена от сръбски МиГ-21. Изглежда това са единствените потвърдени въздушни победи на авиацията на Сърбия.
В резултат се потвърждават загубите обявени от самия Алианс:
• 27 март. Свален щурмовик F-117A „Найтхок";
• 26 април. Американски вертолет АН-64 „Апач" претърпял авария в Албания по време на нощен тренировъчен полет, двамата пилоти оцеляват;
• 1 май. AV-8B „Хариер" от Корпуса на морската пехота на САЩ след тренировъчен полет при кацане на палубата на авионосеца „Теодор Рузвелт" пада в Адриатическо море, пилотите оживяват;
• 2 май. F-16C Блок 40D на САЩ улучен от зенитна ракета от ЗРК С-125 в района на Накучани. Пилотът подполковник дейвид Голдфейн се катапултира и е спасен;
• 5 май. AH-64A „Апач" на САЩ се разбива при нощен тренировъчен полет в Албания, двамата пилоти загиват;
• 11 юни. Британски транспортен С-130 „Херкулес" се разбива при излитане от летище в Албания поради разместване на товара и нарушаване на аеродинамичната центровка.
Има достоверна информация, че един щурмовик А-10 на САЩ е улучен от сръбска зенитна ракета, но успява да се добере до летището си, отремонтиран е и се връща в строя.
Що се отнася до загубите на Югославия, те възлизат на 75 самолета, сред които са 11 броя (от всичките 16) МиГ-29 и 33 броя МиГ-21. Във въздушни боеве са загубени единствено 6 броя МиГ-29 – четирима пилоти са спасени, а капитан Зоран Радославлевич и командирът на авиационен полк подполковник Миленко Павлович. Загинал е от зенитен огън и пилотът на J-22 „Орао" Живота Джурич.
Югославската авиация се оказва в невъзможност да противодейства заради огромното превъзходство на силите на НАТО: над 1000 самолета и тяхното ръководство и насочване от намиращи се далеч извън бойното поле самолети АУАКС, осветяване екраните на радарите от самолети-смутители, ударите на множество крилати ракети по командните пунктове, летищата и ЗРК.