ФИФА в ерата на Блатер винаги е била разтърсвана от скандали за лошо финансово управление и корупция. Въпреки всичко обаче швейцарецът винаги излиза "чист" от скандалите, а само след ден е на път да спечели петия си мандат като президент на световната футболна централа.
1998 година
"Царуването на Блатер започва"
След 17 години на върха на световната футболна централа Жоао Авеланж е сменен на президентския пост от Сеп Блатер, който е избран за президент с много близка разлика от шведския си конкурент Ленарт Йохансон. Обвиненията за подкупи тръгват бързо, но остават само слухове.
-------------------
2001 година
"Тромава организация"
Маркетинговият партньор на ФИФА, швейцарската компания "International Sport and Leisure (I.S.L.)", банкрутира с дългове от над 100 милиона долара, което поставя ФИФА във финансови проблеми и заплашва Блатер да остане без работа още преди края на първия си мандат. Разследването на швейцарските власти и със закъснение това на ФИФА, разкрива документи за подкупи на стойност десетки милиони долари в търговските сделки на компанията, но Блатер не е замесен. Докладът на ФИФА определя поведението му като "тромаво", но заявява, че то не е "престъпно или неморално".
----------------------
2002 година
"Влизане в рамките"
Генералният секретар на ФИФА Мишел Цен-Руфинен, дава доклад и от името на други членове на Изпълнителния комитет на организацията, на швейцарските власти, в който обвинява Блатер в лошо финансово управление, конфликт на интереси и злоупотреба с власт. Блатер изглежда по-загрижен да запази всичко "в кухнята". През април 2002 година той обявява, че е прекратил разследването на финансите на ФИФА, за да предпази конфиденциалността на няколко членове, които са обвинени в злоупотреби. Цен-Руфинен губи битката за власт и напуска ФИФА.
--------------------
2002 година
"Преизбран въпреки обвиненията"
Въпреки бунта от страна на някои от най-доверените му хора и новите обвинения в корупция, Блатер е преизбран за президент пред африканския кандидат Иса Хаяту.
----------------------
2004 година
"Етичен Кодекс"
ФИФА създава първия си етичен кодекс. Преди това, както е отбелязано в доклад през 2013 година по повод скандала с I.S.L, не е имало етични правила, каквото и да означава това.
-----------------------
2006 година
"Печалби, но без последствия..."
Вицепрезидентът на ФИФА Джак Уорнър, президент на футболната федерация на Тринидат и Тобаго е обвинен в масивни измами, свързани с разпространението на билети за Световното първенство в Германия, чрез туристическа агенция, управлявана от семейството му. Малко след това ФИФА успява да изчисти името на Уорнър, който има печалба от един милион долара и само изразява "недоволство" от поведението му.
----------------------
2007 година
"Третият път беше заради чара"
Блатер работи необезпокояван за третия си мандат, като е осуетил опитите на няколко потенциални конкуренти и си е осигурил необходимата подкрепа. Докато финансовата мощ на футбола – най-богатите клубове и състезания – са в Европа, правилата на ФИФА дават еднакви права на всяка страна при изборите за президент. Това означава, че кандидатът няма нужда от Германия, ако вече има подкрепата, да кажем на Гвинея, Гватемала, Гвияна и Гуам. Блатер доста добре разработва стратегията си кой да привлече на своя страна. Година след година той обикаля земното кълбо, за да присъства на конференции, да "ухажва" ръководители и най-важното – да дава пари на ФИФА за местни проекти.
-----------------------
2010 година
"Все по-големи и по-големи скандали"
Обвиненията в корупция, лошо финансово управление и манипулация на Световните първенства, макар и да присъстват преди встъпването в длъжност на Блатер, вече стават тревожно чести по време на третия му мандат. Изборите за домакин на Мондиалите през 2018 и 2022 година вдигат напрежението до небето. Критиците не спират да предупреждават, че изборите за домакинства са опорочени от самото начало, тъй като в тях има купуване на гласове и други облаги, и в крайна сметка точно това се случи. Състезаващите се дори проваляха сделките на другия, като още преди гласуването, двама от членовете на Изпълнителния комитет – Амос Адаму от Нигерия и Рейнал дТемарии от Таити – бяха изключени, след като след разследване на "The Sunday Times" се разпространи запис с това как двамата искат подкупи за подкрепата им. По-късно стана ясно, че единият е поискал 2,5 милиона долара, а другият – рицарско звание. След като ФИФА най-накрая реши да направи разследване, след като вече Русия и Катар получиха домакинствата за респективно Мондиал 2018 и Мондиал 2022, централата установи, че има определени нарушения на етичния кодекс, но като цяло това не е попречило на гласуването. Следователят, който водеше разследването напусна в знак на протест.
----------------------
2011 година
"Поредна криза, пореден мандат"
Година по-късно дойде нова криза. Започна седмици преди президентските избори на ФИФА, когато вицепрезидентът на ФИФА и президент на КОНКАКАФ Джак Уорнър уреди среща на кандидатиралият се за президент на ФИФА Мохамед бин Хамам от Катар с ръководителите на карибския футбол. Бин Хамам, поддръжник на Блатер при първата му кандидатура, реши този път да се конкурира с него и срещата в Тринидат беше шанс за Бин Хамам да си купи няколко гласа за подкрепа. Проблемът беше, че единият делегат, Фред Лун от Бахамите, получи плик с 40 хиляди долара в него. Той обаче съобщи за това и публикува снимка с парите преди да ги върне. Близо три дузини служители в последствие бяха арестувани или получиха забрани от ФИФА в резултат на плащанията. Бин Хамам отпадна от надпреварата и Блатер беше избран за четвърти път, отново без конкуренция. С времето всички наказания бяха раздадени, скандалите от 2010 година и 2011 година доведоха до оставки на президенти от четирите от общо шест регионални конфедерации на ФИФА.
-----------------------------
2011 година
"Грешки от говорене"
Докато Блатер очевидно е виртуоз в политическите стратегии, то грешните му стъпки в публичните изказвания му спечелиха репутацията на нещо близко до определението "лудия чичо".
Въпреки многобройните и видими доказателства в обратното, той твърдеше, че няма расизъм във футбола и, че дори и някъде да има, футболистите просто трябва да си стиснат ръцете и да продължат напред. Блатер стигна и по-далеч в безумните си изказвания, като посъветва хомосексуалните запалянковци, които плануват да посетят Катар, където хомосексуализмът е престъпление, просто да "се въздържат от всякакви сексуални действия", а в Арабските емирства обясни как женският футбол ще придобие по-голяма популярност, ако играчите носят по-тесни шорти. Всеки път след коментарите му следваше извинение от страна на Блатер.
---------------------
2015 година
"Арестите в Цюрих"
Арестите на седем високопоставени ръководители на ФИФА в сряда разтърси световната футболна централа, само два дни преди изборите за нов президент, където Сеп Блатер очаква да спечели петия си мандат. Рано сутринта в сряда швейцарската полиция арестува няколко високопоставени чиновници от ФИФА в Цюрих по обвинения в корупция и предстои да бъдат екстрадирани в САЩ. Според американските съдебни власти става въпрос за нарушения, извършени през последните 20 години. Те се отнасят за няколко турнира за световната купа, като включват договори за маркетинг и реклама и най-вече за правата на телевизиите. Сред арестуваните вицепрезидентите на организацията Джeфри Уеб и Еухенио Фигередо, както и бившият вицепрезидент Джак Уорнър. Арестувани са също Едуардо Ли, Хулио Роча, Костас Такас, Рафаел Екскивел, Хосе Мария Марин, Николас Леос, свързаните със спортния маркетинг Алехандро Бурзако, Арън Дейвидсън, Уго Джинкис и Мариано Джинкис, както и Хосе Маргулис, който е играл ролята на посредник при незаконните плащания.
