След попълването на секвенцията на човешкия геном учените бяха озадачени от един въпрос – как така хората, чиито организми са много по-сложни от дрождите например, не притежават значително по-голям брой протеини, контролиращи гените? Изследователи от Медицинския университет „Джон Хопкинс“ са изследвали взаимодействието между ДНК и протеините по целия геном и са установили наличието на над 300 протеина, които, изглежда, осъществяват контрол над гените, съобщи „Сайънс дейли“. Това е допълнителна функция за всички тези протеини, за които вече се знае, че изпълняват друга роля в клетките.
Резултатите от изследването представят частично обяснение на загадката за сложността на човека в сравнение с по-нисши организми. Предполага се, че съществуват още много протеини, кодирани от човешкия геном, които „работят на два стана“ и осъществяват контрол над гените. Изследователите предполагат, че повечето от нашите гени вършат двойна, тройна или дори четворна работа. Според тях това вероятно е широко разпространен феномен в човешкия организъм и може би представлява отговора на въпроса защо сме много по-сложни от растенията, без да притежаваме много повече гени от тях.
Учените решили да установят с кои ДНК вериги се свързват точно определени протеини, кодирани от генома. Смята се, че между 1400 и 1700 кодирани протеина представляват т.нар. транскрипционни фактори – протеини, които се свързват с определени ДНК секвенции, за да регулират дадени гени. В допълнение към тези протеини учените включили и други видове, за които е известно, че поддържат хромозомна структура и се свързват със структурно различна ДНК. Те добавили и протеини, които обикновено пренасят информация в клетката и за които не се смята, че влизат в пряк контакт с ДНК. Така те събрали близо 4200 човешки протеина върху „протеинов чип“. За да идентифицират протеините в чипа, които се свързват директно с ДНК, учените изолирали 460 различни ДНК секвенции, за които се смята, че се свързват с протеините, след което тествали всяка от тях върху чипа. Освен че открили много взаимодействия между протеини и ДНК, които отговаряли на транскрипционни фактори, учените установили 367 нови неконвенционални протеина, свързващи се с ДНК, за които е било известно, че извършват други функции. Това почти удвоило броя на известните взаимодействия между протеини и ДНК. Учените засега са изследвали около една пета от протеините в човешкия геном, което вероятно означава, че може да съществуват още стотици или дори хиляди неконвенционални транскрипционни фактори, за които все още не знаем.