Московският зоопарк е открит на 12 февруари 1864 г. Биолозите от Императорското дружество за аклиматизация на растенията и животните в Москва организирали първата зоологическа градина в Москва на края на града. Там желаещите имали възможност да видят 286 представители на местната фауна, селскостопански животни. Зоопаркът се издържал от входните такси за посетителите - около десет хиляди годишно, както и с дарения. Сумите обаче се оказали недостатъчни за отглеждането на животните, а били необходими средства и за ремонт и изграждане на нови клетки и здания.
Поради натрупаните дългове дружеството решило да повери зоопарка в частни ръце - на семейство Рябинини. Тази стъпка се оказала пагубна за зоопарка и през 1878 г. дружеството отново поело грижите за животните.Но дошла революцията от 1905 г. и институцията отново минала в частни ръце. След идването на съветската власт зоопаркът бил национализиран през 1919 г.
Понастоящем Московският зоопарк е сред най-големите и старите в Русия. Разположен е в центъра на руската столица на площ 21,5 хектара, а в помещенията на зоопарка се отглеждат почти 750 вида представители на фауната, представени от над 7 хиляди екземпляра.