Екипът на проф. Николай Овчаров откри на Перперикон два бронзови кръста – енколпиони, които бяха плътно затворени. Енколпионите представляват мощехранителници, в които през Средновековието са съхранявани мощи на светци или парченца от дърво, за които се е вярвало, че са от Светия кръст. Върху намерените на Перперикон паметници е изобразен Христос в дълга дреха и в поза, определяща ги в периода Х-ХІ век. В единият енколпион не се откри нищо, докато от централната част на хранилището на втория реставраторите извадиха малки парчета от костици. Те са представлявали светиня за средновековните хора. Преди няколко години на Перперикон бе намерен друг затворен кръст – реликварий, в който бяха съхранени микроскопични парченца от дърво. За него се е вярвало, че е от Светия кръст, на който е разпнат Исус Христос. Днес този кръст е предаден на отец Боян Саръев и той го съхранява в църквата „Успение на Света Богородица” в Кърджали.
Откриването на подобни християнски реликви на Перперикон не е случайно. Той цяло хилядолетие е бил важен епископски център. А само преди дни при разкопките бе открит оловен печат на византийския сановник Муселий Бакуриани, който вероятно е управлявал Перперикон и земите около него в края на ХІ в. Предполага се, че той е бил син на единия от основателите на Бачковския манастир, Григорий или Абазий Бакуриани. Явно връзката на Перперикон с намиращата се само на 60 км важна християнска обител е била много сериозна още преди хилядолетие.